Ve výzkumné laboratoři vědci naklonovali pokémona. Z DNA Mewa vytvořili Mewtwoa, kterého ještě díky lidské genialitě vylepšili.
Mewtwo s nimi komunikuje. Vědci na něm vytváří pokusy, ale Mewtwo nechce být jen experiment.  V laboratoři začne vše ničit. I když se ho pokoušejí zastavit různé stroje, nepomáhá to. Mewtwo má obrovskou sílu a na všechny útočí.
Vědci úspěšně vytvořili nejsilnějšího pokémona.

Z vrtulníku je zatím pozoruje Giovanni. Po chvilce přistane a naláká Mewtwoa na jeho stranu. Chce ho jako partnera.
Vzal Mewtwoa k sobě a nasadil mu brnění, které jeho sílu koncentruje. Potom si vyzkoušel zápasit proti pokémonům a byl neporazitelný. Nikdo ho nepřemohl.

Mnoho trenérů, včetně Garyho, se pokoušelo Mewtwoa zastavit, ale nikdo z nich to nedokázal.

Mewtwo ale pořád bádá nad tím, jaký je jeho cíl. Ale nechce sloužit lidem, ani Giovannimu. Rozhodl se tedy odejít a zůstat sám.

Zastavil se na ostrově, kde dřív bývala výzkumná laboratoř a došel k názoru, že bude vládnout celému světu.

Ash, Misty a Brock se na jejich cestě zastavili, aby si uvařili oběd. V tom k nim přišel trenér pokémonů a vyzval Ashe na zápas, ve kterém samozřejmě vyhrál.

Rakeťáci to všechno z dálky pozorují.

Po zápase naši hrdinové obědvají, když u nich po chvilce přistane Dragonite, který jim předá pozvání. Mají se zúčastnit setkání trenérů pokémonů na sídle toho nejlepšího trenéra – Mewtwoa. Na ostrov se dostanou jedinou lodí a jen s oficiální pozvánkou.

Když naši kamarádi dorazí do přístavu, je tam spoustu dalších trenérů pokémonů. Policistka Jenny všem poví, že je plavba zrušena, protože je obrovská bouře a navíc.. z pokemonského střediska zmizela sestra.
Ale některé trenéry to ani tak nezastavilo. Někteří poplují na svých vodních pokémonech, jiní letí.

K přístavu najednou připluje loď, kterou řídí Rakeťáci, převlečeni za Vikingy. Nabídli našim hrdinům, že je vezmou na ostrov.
Všichni se tedy vydali na plavbu. Vlny loď ale přemohly a naši kamarádi zjistili, že to jsou Rakeťáci.
Nakonec stejně i oni museli plout se svými pokémony v moři. Místy s Brockem měli Staryu a Ash Squirtla.

Bouře ustala a oni se ocitli přímo u ostrova, kde je na molu přivítala služebná. Společně pak šli dovnitř.

Mezitím se u ostrova objevil pokémon – Mew.

Když ale vešli do haly, spatřili ještě další pouhé 3 trenéry pokémonů, kteří překonali bouři. Jen ti jsou totiž hodni toho, aby mohli být u nejlepšího trenéra pokémonů.

Nyní služebná oznámila příchod toho nejlepšího. Všichni s napětím očekávali, kdo přijde.

I Rakeťáci se dostali dovnitř a vypadá to, že si je Mew oblíbil, protože je sleduje.

Když viděli Mewtwoa, nikdo z nich nesouhlasil, že pokémon může být i trenér pokémonů.

Po té Mewtwo propustil služebnou, protože už jí nepotřebuje. Ukázalo se, že to celou dobu byla zdravotní sestra ze střediska.

Rakeťáci se mezitím dostali do místnosti, kde viděli pokémony. Jessie pak omylem spustila přístroj, který pokémonům zkoumá DNA.
Přístroj si vezme DNA pokémona a udělá z něj klon, který se pak stává mnohem silnější.

Mewtwo zatím všem vysvětluje své plány. Ash ho vyzve na zápas a Mewtwo si přivolává své naklonované pokémony, mezi nimiž je Blastoise, Venosaur a Charizard.
Po té se všichni přesunuli na stadion.

Trenéři pokémonů bojují proti Mewtwoovi. Nejdříve Venosaur proti naklonovanému Venosaurovi, ten je ale mnohem silnější. Tak to dopadá i s Blastoisem. Nakonec se do boje pouští Charizard, ale i ten nemá oproti naklonovanému druhovi šanci.

Jako výhru, si chce Mewtwo vzít všechny jejich pokémony, aby jim mohl odebrat DNA.

Mewtwo sebral všechny pokémony, Pikachu před Mewtwoovými pokébaly utíká, ale ani to nezabralo. Nakonec získal i Pikachu.

Všechny pokébaly se spouštěly dolů do místnosti, kde byli Rakeťáci. Ash tam utíkal za Pikachu a šel si pro pokéball. Nakonec Pikachu osvobodil.

Ale všechny ostatní klony pokémonů se začaly líhnout a vyrazili nahoru k pánovi. Ty pravý pokémony pak pustil a Ash si tak vzal svoje pokémony.

Všichni pokémoni šli ke svému pánovi na stadion. Ash tam pak dovedl všechny pravé pokémony, aby se Mewtwoovi mohli společně postavit.

V tom se tam objevil Mew a Mewtwo na něj začal útočit. Chce dokázat, že je Mewtwo lepší, tak nepřestává útočit. Mew ale místo útočení spíše utíká.

Mewtwo ale chce bojovat a chce Mewa porazit. A tak vyzve všechny naklonované pokémony, aby začaly útočit. Proti nim se postavily skutečný pokémony, na kterých ale bylo vidět, že prohrávají. Nejsou dost silný.

Mew a Mewtwo spolu zatím také bojují.

Lidé se na tohle už ale koukat nemůžou. Je to kruté, jak proti sobě každý bojuje. Přináší to jen bolest.

Pikachu s naklonovaným Pikachu ale nebojuje. Pravý Pikachu nechce bojovat, ví, že to nemá cenu.

Ash a ostatní to chtějí zastavit, protože takhle by pokémoni mohly bojovat až do smrti. Pokémoni jsou už ale unavení, trpí bolestí.

Jen Mew a Mewtwo pořád bojují a Ash se teď postavil přímo do středu jejich útoku. Pokusil se zastavit jejich útok.
Náhle Ash celý zkameněl. Pikachu se ho pokouší probrat bleskovým útokem, ale nezabírá to.
Všichni pokémoni začnou brečet a jejich slzy se shromažďují okolo Ashe, který se pak zázrakem probere.

Na Mewtwoa to udělalo velký dojem a tak všechny naklonované pokémony vzal a spolu s Mewam odletěl někam daleko.

Naši hrdinové, spolu s dalšími trenéry a sestrou ze střediska se v pořádku ocitli u přístavu.

Když bouře přešla, podívali se na oblohu a spatřili Mewa.