Team Aqua je skupina zlodějů v regionu Hoenn. Team Aqua má základnu v obří atomové ponorce na moři a mají také helikoptéru, kterou používají k cestě nad mořem. Členi Teamu Aqua nosí černobílé a pruhované košile s džíny. Jejich podvodnické oblečení mana sobě vyšité písmeno "A". Jako Team Magma, tak i Team Aqua, je organizace provozována nelítostným šéfem. Aktuální vůdce je Archie. Team Aqua se podobají skupině pirátů, kteří jsou experti také na vodní pokémony. Existují pouze v regionu Hoenn a neznají Team rocket, narozdíl od Teamu Magma. Team Aqua je s Teamem Magma momentálně v krátké válce. Hlavní cíl Teamu Aqua je zaplavit svět jako obrovský oceán pro jejich vodní pokémony, myslí si, že tak udělají ze světa lepří místo. Za tímto účelem probudí pokémona Kyogre z jeho spánku. V teamu Aqua je trochu méně zlého než v teamu Magma a má více žen v jeho skupině, ale mají mužského vůdce. Team Aqua je známý v Hoennském regionu a často vydírají místní rybáře.

Vojáci teamu Aqua
Vojáci Teamu Aqua je typ pokémonních trenérů, kteří se poprvé objevili ve III. generaci her. Jsou to sluhové teamu Aqua. V týmu jsou mužské i ženské postavy, ale všichni jsou oblečeni do rozpoznatelných modrých výbav piráta spojeného s teamem Aqua. Obecně používají kombinaci vodních, jedových a temných typů pokémonů.

Archie

Archie je vůdce teamu Aqua. Jeho cílem je probudit legendárního pokémona Kyogre a zaplavit celý svět pod vodu. Chtěl by tak uskutečnit pro své vodní pokémony ráj na zemi.






Shelly

Shelly je jedna z adminů této organizace. Na hlavě nosí šátek se znakem teamu Aqua a celkově modrý oděv. Vlasy má červené a její rodný region je Hoenn. Vlastní tyto pokémony: Crawdaunta, Carvanha a Walreina.





Úkryt teamu Aqua

Úkryt je hlavní základna Teamu Aqua ve hrách Sapphire a Emerald. Ve hře Ruby je toto místo známé jako Úkryt Teamu Magma. Základ je v podstatě stejný, ačkoli je tam méně vody a členové teamu Aqua jsou nahrazeni členy teamu Magma. Matt je nahrazený Tabithou.





Seafloorská jeskyně

Seafloorská jeskyně je umístěna v Hoennském regionu, hluboko pod mořem na Stezce 128. K tomu, aby se tam hráč dostal, potřebuje HM08 Dive a HM03 Surf, stejně jako odznaky od trenérů stadionu, kteří vám povolují tyto útoky používat. Jednou v jeskyni je také požadováno umět HM04 Strench a HM06 Rock Smash.





Dále jsou zde zastoupeni dva další členové, kteří se neobjevili v anime:
Matt
Amber