Seafloorská jeskyně je umístěna v Hoennském regionu, hluboko pod mořem na Stezce 128. K tomu, aby se tam hráč dostal, potřebuje HM08 Dive a HM03 Surf, stejně jako odznaky od trenérů stadionu, kteří vám povolují tyto útoky používat. Jednou v jeskyni je také požadováno umět HM04 Strench a HM06 Rock Smash.

Hledání jeskyně začíná tehdy, když team Aqua (ve hrách Sapphire a Emerald) či Team Magma (ve hře Ruby) kradou ponorku kapitána Sterna. Ve hře Ruby je jeskyně domov pokémona Groudona, který spí na nejhlubší části jeskyně. Zatímco ve hrách Sapphire a Emerald, zde spí Kyogre a Groundonův domov (přinejmenším ve hře Emerald) je uvnitř Úkrytu Teamu Magma, hluboko v hoře Chimney.

Hráčské hledání k tomu, aby našlo zlý tým, začíná téměř ihned po vítězství sedmého odznaku. S pokémonem, který se může potopit pod vodu ve společnosti hráče. Pod mořem, uprostřed Stezky 128, se nachází vstup do Seafloorské jeskyně, kde je ponorka zaparkovaná. V jeskyni musí hráč projít skrz tunely až k nejhlubší části, kde spí jeden z legendárních pokémonů. Zde se ukrývá šéf týmu, který ukradl ponorku, Archienebo Maxie, kteří se pokusí ovládnout jednoho z pokémonů. Ať tak, nebo onak, Pokémon nebude odpovídat a místo toho unikne a způsobí tím hrozný dešť či sluneční světlo v závislosti, o kterého pokémona jde.

Odtud musí hráč jít do města Sootopolis a do Jezkyně origin, buď chytit silného legendárního pokémona (Ruby, Sapphire) nebo mluvit s Wallacem, který vám nakloní místo, kde se nachází Rayquaza (Emerald)

Verze	Pod vodou	Vstup	Místnost 1	Místnost2	Místnost 3	Místnost 4
Ruby
Sapphire
Emerald

Verze	Místnost 5	Místnost 6	Místnost 7	Místnost 8	Konec
Ruby
Sapphire
Emerald