Dvě dívky jsou v noci v knihovně a jedná druhé vypráví příběh o Latiasovi a Latiosovi. Nedořekne poslední kapitolu, protože uslyší hlídače, který se k nim blíží s baterkou. Ale včas utečou a hlídač najde mezi knihami červenou růži a černý vzkaz.
Dívky knihu vezmou sebou a jedou pryč. Oakley (jedna z dívek) říká, že v poslední kapitole je vše o tom, jak ovládat přístroj – něco, co se nazývá „obranný mechanismus Altomaru“.
Jejich auto se zázrakem přemění na raketu a letí pryč. Oakley cestou vysvětluje, že je to nejmocnější zbraň, která byla kdy vyrobena. Aby se ale přístroj „rozjel“, musí být použitá Duše Rosy. A právě ta obsahuje duši Latiose a vypadá jako kapka rosy.
Ale dívky mají ještě jeden úkol. Musí chytit pokémony pro Giovanniho.

Nacházíme se spolu s našimi hrdiny na závodě, ve kterém závodí pouze vodní pokémony – Tour de Altomare. A Ash a Misty jsou připraveni na startu.

Místy závod vyhrála s její Corsolou a druhý byl Ross s Wailmerem. Nejdříve to vypadalo, že by mohl zvítězit Ash, ovšem pak zatočil do špatné uličky. Jeho Totodila totiž držel Latias, proto nabral takovou rychlost, pak se k němu přidal i Latios a zavedli ho špatně. Latios i Latias byly samozřejmě neviditelný.

Ross pak ukázal našim hrdinům město Altomar. Jedou na loďce a Misty zatím drží skleněný medailonek, který dostala. Jsou na něm dva pokémoni. Latios a Latias, kteří jsou strážci tohoto města.

Oakley a její společnice hledají ve městě Altomar Latiose a Latiase, ale není to tak snadné. Můžou totiž měnit svou podobu, můžou vypadat i jako lidé. Oakley je ale přes skener našla, protože mají nižší teplotu než my – lidé.
Vyrážejí na člunu za ním.
Cestou je ale uvidí Rakeťáci a James pozná, kdo to byl – špioni Giovanniho, Annie a Oakley.

Ross opustil naše hrdiny. Rozeběhli se ke stánku se zmrzlinou, Pikachu ale šel směrem, kde uviděl Vaporeona s dívkou. Přiběhl k nim i Ash, dívka si ho prohlédla a utíkala pryč. Dostala se až do uličky, kde ji pronásledovaly Annie a Oakley. Říkaly, že to musí být Latias, když na sebe vzala podobu dívky.
Začly na Latiase útočit, Pikachu to vycítil a spolu s Ashem utíkal za nimi.
Ash na ně začal pomocí Pikachu útočit a bránit tak dívku. Ash vzal dívku a utíkali pryč, pronásledovaly je pokémoni Ariados a Espeon, které patří Annie a Oakley.

Ash s dívkou kličkoval v uličkách a nakonec doběhl až na začátek k Misty a Brockovi. Když Ash spustil dívku z očí, dívka zmizela pryč.

Naši hrdinové se šli podívat do místního muzea. Zastavili se hned u fosílie pokémonů, kteří kdysi terorizovaly  Altomar. Přišel k nim jeden starší muž - Lorenzo, který jim to řekl. Pak je zavedl dál k O.M.A. - Obranný mechanismus Altomaru.

Kdysi dávno byly Aerodactyl a Kabutops vycvičeni zlými trenéry k útočení na lidi. Všichni žili ve strachu až do doby, než přišel Latios a přinesl do města vodu, utopil tak zlé pokémony a přeměnil ulice na kanály.
Tak získalo město název Altomar, neboli „širé moře“. A tenkrát byl postaven O.M.A., kvůli tomu, aby se lidé ujistili, že nikdo nenaruší jejich klid.

Ash mezitím uviděl nahoře v patře dívku, která mu předtím zmizela. Rozloučil se rychle s přátely, poděkoval pánovi za prohlídku a utíkal za ní do města.
Došel až k ní, dívka pak prošla zdí. Následoval ji Pikachu a pak i Ash. Objevili se v nějaké zahradě, kde bylo plno dalších pokémonů.

Náhle se tam objevil Latios, byl neviditelný a začal na Pikachu útočit, pak se před něj a Ashe postavila dívka a Latios přestal a objevil se v celé své kráse. Ash ho ihned poznal.

Ash teď chvilku nechápal, protože se tam objevily dvě stejné dívky. Jedna byla Latias a ta druhá, kterou Ash viděl v muzeu a sledoval jí, byla Bianca.
Pak se tam přišel ten pán z muzea a zastavil Biancu. Ukázalo se, že to je její dědeček. Dovolil Latiasovi, aby si hrál se svými novými kamarády Ashem a Pikachu.
Pak se Latias proměnil z dívky na pokémona.

Pikachu si hrál s Latiosem a Latiasem, vozil se na nich.
Ash mezitím mluvil s Biancou a s jejím dědečkem - Lorenzem. Bianca Ashovi vysvětluje, že na ní Latias dokáže vzít podobu a často se na ní přeměňuje.
Potom Latios Ashovi a ostatním ukázal sdílení pohledů, kdy můžou vidět očima Latiose.

Lorenzo vypráví, že jejich otec Latios přinesl vodu do města, které tak zachránil a poté se sám vypařil. Zbyla po něm jen Duše Rosy a nechal tu také svá mláďata Latiose a Latiase.
V zahradě se Ash podíval na Duši Rosy a také na kresbu na zemi, na které je návod, jak spustit Obranný mechanismus Altomaru.

Ale do zahrady se Ash nedostal sám, ani si to neuvědomil, ale zavedl tam i robota, který patří Oakley a Annie.

Ash se s pokémony loučí a dědeček je zavedl do jeho dílny, kde vyrábí gondoly. Vylezli z ní a Bianca Ashe do města svezla.

V noci se Annie a Oakley plížily přes střechy a za nima se hnali Rakeťáci, kteřím to ovšem nešlo tak snadno. Nakonec stejně zmizeli ze scény.

Dívky dorazily do zahrady a pomocí Espeona zaútočily na Lorenza, ten upadl na podlahu a dál nevnímal.
Podařilo se jim chytit Latiose, ale Latias jim unikl. Pak vzaly Duši Rosy a našly také nákresy na zemi o tom, jak použít O.M.A.

Lorenzo se probral a spolu s Biancou se běželi podívat na to, co v zahradě udělaly.

Rozhodli se vyrazit ihned do muzea.

Tam ale dřív dorazily Annie s Oakley a Latiosem. Zaply Obranný mechanismus Altomaru. Vyrušili je ale Bianca s dědečkem, ale Espeon si s nimi poradil. Dál vložily i Duši Rosy do přístroje.

Mezitím Latias našel naše hrdiny, proměnil se ale na dívku. Tak Ash vysvětlil všechno Brockovi a Misty a dívka se konečně mohla proměnit na Latiase.

Latios otevřel oči a pomocí sdílení pohledů se spojil s Latiasem a ukázal tak našim hrdinům, co se děje v muzeu.

Oakley probudila Aerodactyla a Kabutopse a nařídila jim, aby jí přinesly Latiase. Pak pomocí přístroje uzavírala město.

Ash s Latiasem vyvázli a jsou na cestě do muzea. Při cestě na ně útočil Aerodactyl, kterého po chvilce ztratili, pak se ovšem objevil Kabutops.
Ash si u Brocka a Misty zapomněl své pokémony, a tak mu poslali na pomoc pár svých. Spolu tak zahnaly Kabutopse.

Dorazili do muzea.. O.M.A. se mezitím vymkl Oakley z rukou. Ash s Latiasem zachránili Latiose a na chvilku vše přestalo, město se zase otevřelo.
Annie se ale dotkla Duši Rosy a protože byla dlouho bez fontány, ve které bývala v zahradě, tak zčernala a ve městě mizela voda.

A jak se předpovídalo, voda se vracela, ale byla v podobě obrovské vlny, kterou společně Latios a Latias zastavily.

Aerodactyl a Kabutops se proměnily zpět ve fosílie, Oakley a Annie zůstaly uvězněny v přístroji.

Naši hrdinové s Biancou a Lorenzem se vydali hledat Latiose a Latiase. Našli ale jen Latiase, Latios, stejně jako jeho otec, položil za záchranu města svůj život a zůstala po něm Duše Rosy.

Položili perlu do fontány v zahradě, aby s nimi navždy zůstal.