Ash, Dawn a Brock se vydávají na další cestu za dobrodružstvím, která se jim otevírá za pomoci temného pokémona Darkraie. Kdo zvítězí v novém, zdánlivě nekonečném boji? Prostor, nebo čas?

Naši hrdinové jsou na cestě přímo do města Alamos, před nimi se ale objeví překážka - jezero. Z oblohy se vznese balon a Alice z města Alamos jim nabídne, že je přenese do města.

Z balónu vidí dvě věže časoprostoru, které navrhl archiktekt Godey před sto lety. Právě tam pořádají contesty, na které se chce přihlásit Dawn. Brock vysvětluje, že věž napravo představuje Čas a věž nalevo Prostor. Najednou se vznesly vzdušné proudy, ale po chvilce bylo vše zas tak jak má být.

Alice Ashe, Dawn a Brocka provedla městem, po té je dovedla na její neojblíbenější místo ve městě, do překrásné zahrady. Všichni pokémoni si hrajou a málem začaly bojovat, ale Alice zahrála na Listovou píšťalku a všichni pokémoni se uklidnily.

Gallade přiběhl za Alice, zřejmě je něco špatně. Na místo, kam je dovedl byly poničené sloupy, některé se válely na zemi. Z podchodu vyšel Alberto a řekl jim, že to udělal Darkrai. Dakrai je pokémon, který žije v zahradě a způsobuje noční můry.

Rakeťáci je pozorují schovaní na stromě a už se domlouvají jak chytí Pikachu.

V křoví za sebou uslyší nějaký šramot, tak Alberto vyslal pokémona a zaútočil. Ukázalo se, že to byl jen Tonio – vědec. Vysvětluje, že prozkoumával časoprostor a něco se stalo.

Mezitím Palkia s Dialgou bojují v časoprostoru.

Tonio ze svého notebooku získává informace o tom, co se děje v časoprostoru. Najednou se objevil pokémon – Darkrai. Varuje je, aby sem nechodili. Darkrai zaútočil, ale pokémon se vyhnul jeho útoku a padlo to na Ashe. Objevil se v noční můře.

Ash se v posteli probudí s pomocí Pikachu. V pokémonním středisku sestra vysvětluje, že Darkrai Ashe uspal.

Večer je na obloze ohňostroj, ale Tonio sedí ve své laboratoři a zkoumá Godeyho deník.Uvidí fotografii, kde je Alicia – Alicinina babička. To právě ona v zahradě našla Darkraie.

U barona Alberta se objeví Rakeťáci jako reportéři. Chtějí s Albertem udělat rozhovor.

Naši hrdinové se jdou spolu s Alice podívat do věží, kde se bude konat contest. Po té jdou navštivit Tonia, který má laboratoř přímo pod věžemi. Všichni se jdou podívat až na vrchol věže, protože si chtějí zahrát. Jakmile totiž vložíte hudební disky do přístroje, věže se rozezní a zahrají melodii. Říká se, že to je největší hudební nástroj na světě.
Když jsou všichni zase dole, dávají si zápas s lidmi, které potkají na náměstí.

Tonio postřehne změny v časoprostoru, kde se pohybuje Dialga s Palkiou. Najednou se na obloze objeví osnující záře. Hned po té se objevil Darkrai a znovu je varoval, aby odešli. Alberto proti Darkraiovi bojoval, ale ten se naštval a poslal noční můry na všechny pokémony, které byly poblíž. 

Všichni jsou v pokémonním středisku a léčí pokémony, které zasáhla Darkraiova noční můra. Ale najednou přiběhne Ash a za ním jde Alberto, který vypadá jako Lickilicky. Stalo se to tak, že Darkrati poslal na skutečného Lickilickyho noční můru a vypadá to tak, že se mu zdá, že se proměnil v barona Alberta.

Přiběhnou další 3 děti a řeknou, že jsou uvěznení ve městě. Všichni se tedy shromáždí na okraj města, ale uvidí jen hustou mlhu a nic jiného. Když se pokoušejí jí proběhnout, vrátí se zase na místo, kde stáli předtím. Alberto prohlásil, že za to všechno může Darkrai a společně ho musí zničit. Lidé jdou s ním, ale Alice stále stojí na místě. Řekne Ashovi, Dawn a Brockovi, že si myslí, že za tohle všechno Darkrai nemůže.

Lidé, co jdou za baronem konečně najdou Darkraie.
Tonio si mezitím přehrává vše, co se stalo při té záři. V notebooku vidí nějakého legendárního pokémona.

Dole na náměstí zatím lidé bojujou proti Darkraiovi. Ten ale na všechny seslal noční můru. Rakeťáci to všechno natáčí, protože jsou v přestrojení reportérů.

Tonio zatím ukazuje legendárního pokémona ostatním. Je to Palkia. A tak se vše vyjasňuje. Darkrai chce všechny chránit před Palkií, protože cítí, že je tady.
Jsou na náměstí a koukají na Darkraie jak se snaží bojovat proti Palkii. Najednou celá obloha ztmavne. Tonio zjistí, že se město vznáší v jiné dimenzy. Palkia je už teď zraněná ještě z předchozího boje s Dialgou, která se teď také objevila a zaútočila na Palkii. Darkrai se přidal k nim a mezi střety Dialgy a Palkii, pomalu mizí město do jiné dimenze. Tonio přišel na to, že když zahrají Oracion, pokémoni by se mohli zklidnit. Ovšem hudebních disků je ve věžích spousty, nevědí, který je ten pravý. Alice ho ale najde, vezmou ho a letí balónem k vrcholu věže. Ash a Dawn jsou jediný, který jdou dále nahoru do věže, protože balónem dál nemohli všichni letět.

Ostatní jsou dole na náměstí a sledují boj. Mezi Dialgou a Palkiou se připravovalo na další velký střet, ale Darkrai je pokoušel zastavit. Chvilku zadržoval jejich explozi, ale dál už to nevydržel a zmizel stejně tak jako mizí celé město.
Konečně je Dawn s Ashem na samém vrcholku a spustí Oracion. Dialga i Palkia se zaposlouchají a uklidní se.

Palkia pak dá vše zase do původního stavu.

Alice, Tonio, Ash, Dawn a Brock jsou v zahradě a děkují Darkraiovi za to, že je zachránil. Mysleli si, že už se nikdy nevrátí, ale Pikachu pak zaregistroval jeho stín a celou tu dobu na ně shlížel z věže.