Pokémonní zápas má formu soutěže mezi pokémony. V těchto zápasech je typické, aby pokémona instruoval trenér, který jej vycvičil k cíli vyhrávat. Pokud v zápase pokémon omdlí, namísto něj může trenér vyslat dalšího, pokud je v zápase možné použít více pokémonů. Ve hrách, po porážce jednoho trenéra je strana, která prohrála nucena vydat určitou peněžní částku na základě úrovně pokémonů a jejich typů.
Hry Ve hrách je menu přizpůsobené tak, aby trenér mohl vyslat jakéhokoliv pokémona, vyléčit je a také vyslat útoky. Pokud trenér bojuje proti trenérovi, není možno nijak zápas ukončit bez toho, aby jedna ze stran vyhrála. Naopak pokud je to zápas s divokým pokémonem, má trenér několik možností. Může pokémona omráčit a chytit, nechat ho omdlít a nebo obyčejně pouze utéct ze zápasu.
Boj Poté, co si trenér zvolí, s jakým pokémonem začne svůj zápas, se zobrazí nabídka pro boj s útoky, které příslušný pokémon ovládá. Aby mohl být zvolen útok, musí mít pokémon alespoň jedno zbývající PP (Power points=energie, kterou vyžaduje pokémon na provedení útoku). Podle toho, jaké má útok vlastnosti jej pokémon použije. Pokud je silný ale pomalý, většinou se stává, že jej napadne soupeř s rychlejším útokem.
Batoh Každý hráč má na svém hřbetě batoh, ve kterém si schovává užitečné věci - pokébally, ozdravné předměty apod. V jednom batohu je možno schovat pouze určitý počet položek. Pokud se nevejdou do batohu, pak nemohou být sebrány. Existuje však způsob, jak to vyřešit. Uložit si věci, které zrovna nepotřebujete v pokémonském středisku, kde je umístěn počítač na úschovu pokémonů a věcí. Některé položky ze seznamu nemůžete použít například v zápase, protože tato funkce je hrou blokována. Nemůžete se například během zápasu naučit nějaký útok, který je možno použít pouze tehdy, když nic neděláte. Pokud trenér použije během zápasu lék, pak je řada na protivníkovi, aby provedl útok.
Pokémoni Tato nabídka je hráči nabídnuta až v době, kdy obě strany dokončily všechny aktivity nebo až jeden z pokémonu omdlí. V této nabídce může trenér v zápase měnit pokémony. Mimo zápas jim může také přidělit některé předměty, které vylepšují jejich schopnosti. Lze zde také určit, jaký pokémon bude začínat v každé bitvě tím, že jej přesunete na první místo v seznamu.
Únik ze zápasu Pokud zvolíte položku "Únik" (z angličtiny "Run"), pak se trenér pokusí uniknout ze zápasu. Tato možnost nelze použít pokud bojujete s trenérem, ale pouze s divokým pokémonem. V Battle Frontier lze uniknout ze zápasu i s trenérem, což má za následek vaší prohru nebo remízu.
V anime V seriálových a filmových dobrodružstvích je průběh bitvy malinko jiný. V seriále má zápas volnější formu, než ve hrách, kde se musíte držet přesných pravidel a čekat na to, až trenér zaútočí. Avšak anime se také poučilo z her a na bázi dvojitého zápasu, který byl vyvinut prvně ve hrách, se začaly tyto zápasy uskutečňovat i v seriále. Na rozdíl od her, se v seriále objevuje při zápase rozhodčí, který určuje, jestli je pokémon schopen dalšího boje či nikoliv. Je to dáno tím, že ve hrách jsou stanoveny přesné limity, kdy pokémon omdlí, kdežto v anime ne. Rozhodčího můžeme většinou vidět u příležitosti nějakého turnaje, například na stadionu nebo nějakém šampionátu. Běžné neformální zápasy mezi trenéry jsou bez účasti rozhodčího, nebo jej může zastoupit nějaká další přihlížející osoba. V této roli jsme mohli často vidět Brocka, který dělal na stadionu Gym leadra.
V seriálu existují také další pravidla domluvená před bitvou. Velmi zřídka bývá totiž dovolena plná sestava jako šest proti šesti. Proto se musí trenéři rozmyslet, který pokémon je vhodný, aby porazil protivníka. Ve stadionech je většinou zakázáno měnit pokémony, toto pravidlo však platí pouze pro trenéra stadionu. Vyzyvatel pokémony měnit může, pokud není určeno jinak.
Příkladový rozdíl mezi hrou a seriálem: Ve hře nastoupí pokémon 5. úrovně proti zkušenému trenérovi stadionu, který má například pokémona úrovně 20. Ve hře by tento vyzyvatel neměl šanci porazit tohoto pokémona sám, bez pomoci silnějších pokémonů. V seriále je to ale možné. Jak jinak si vysvětlit, že Pikachu, který zažil již tolik dobrodružství, se stále potácí s problémy v zápase, i když je to zápas mezi začínajícím trenérem a zkušeným Pikachu? Nebo taky bylo zvláštní, že malý Cyndaquil, který se zrovna vyvinul z vajíčka, byl schopen s Monfernem porazit Chicoritu a Totodila, i když byl proti Totodilovi v nevýhodě? Ano, je to tak. V seriálu se zápasy neřídí podle zkušeností pokémona, ale především podle znalostí trenéra, který umí pohotově zasáhnout v jakékoli situaci.
Dvojité bitvy Dvojité bitvy byly rozšířeny z her do anime. Jedná se o boj, kde spolu musí trenéři spolupracovat. Ve hrách se jedná především o to, že oba pokémoni jsou vaši a vy bojujete proti dvěma pokémonům dvou soupeřů.
Trojité bitvy Trojitá bitva nastane tehdy, pokud na každé straně budou stát tři pokémoni. Tento nový styl byl poprvé představen v páté generaci.
